در سال 1193 هجری قمری، بر اثر زلزله آسیبهای جدی به ساختمان این مسجد وارد شد. گنبد آن فرو ریخت و به جز چند جرز و پایهی شبستان و قسمتی از دیوار خارجی بنا چیزی باقی نماند. در سال 1318 تعمیر و بازسازی بنا آغاز شد و عمده کارهای ساختمانی آن تا سال 1355 به پایان رسید. بازسازی گنبد به عهده مرحوم استاد رضا معماران سپرده شد و مرمت کاشیکاریها و تزیینات داخلی مسجد نیز همچنان ادامه دارد.